Nuestro santuario es un fiel representante del ecosistema de bosque y matorral esclerófilo de Chile central y, por ende, en su haber se pueden encontrar una diversidad de especies de flora y fauna nativa. La especie más reconocida, y la que da nombre al santuario, es el Ciprés de la Cordillera (Austrocedrus chilensis), el cual actualmente se encuentra en estado de Casi Amenazado. Según algunos especialistas, los ejemplares de la zona del Santuario corresponden a los más antiguos registrados de esta especie, llegando a datarse un registro de más de 1500 años. Otras especies nativas que se pueden observar son el Litre, Quillay, Guayacán, Peumo, Algarrobo, Colliguay, entre muchas otras más. Para ver más revisar el siguiente enlace.

En cuanto a la Fauna, se pueden encontrar mamíferos como la Vizcacha, Zorro Culpeo, Cururo, Yaca, Puma; y una diversidad de lagartijas, lagartos y otros reptiles. Sin embargo, el santuario es reconocido por poseer una enorme cantidad de especies de aves distintas, tanto diurnas como nocturnas, las que se pueden escuchar a medida que se recorre su sendero. En esto último podemos mencionar el Cóndor, Diuca, Tenca, Tórtola, Codorniz, Halcón Peregrino, Gallina Ciega, Golondrina, Loica, Tordo, Turca, Mirlo, entre muchos más.